Det blev dubbelt Yamaha i topp när andra deltävlingen kördes i Japan då Jorge Lorenzo vann före Valentino Rossi.
Jorge Lorenzo vann i Japan.
Det var lite blött på Motegibanan i Japan efter gårdagens regn när starten gick. Rossi tog starten före Vermulen men ju längre racet pågick så kom Lorenzo och kunde vinna före Rossi. Daniel Pedrosa tog hem tredje platsen på sin Honda före Ducatiföraren Casey Stoner och Hondas Andrea Dovizioso.
Segern för Lorenzo innebär att han nu toppar sammandraget en poäng före Rossi och tre poäng före premiärsegrande Stoner.
I 250-klassen gick segern till Alvaro Bautista på en Aprilia före Hondaåkaren Hiroshi Aoyama och Matti Pasini som är tillbaks i serien på en Aprilia.
Aoyama toppar sammandraget efter två deltävlingar två poäng före Bautista.
Andrea Iannoni flaggades först av i 125-racet följd av Julian Simon, båda på Aprilia medan Pol Espargaro styrde sin Derbi till tredje platsen.